神戶市地處兵庫縣東南部，六甲山系和瀨戶內海構成了神戶依山傍海的都市景觀。六甲山東西橫貫神戶市域北部，構成神戶市中心街區和郊區的天然分界線。六甲山最高峰的海拔高度是931.25米，也是神戶市內的最高點。山地北側是神戶市內保存較多自然的地區，關西著名的溫泉旅游地有馬溫泉就位于這里。在六甲山地北麓和其附近的丘陵地帶也有一些新市鎮，有多條鐵路和公路穿過六甲山連接這些新市鎮和神戶市中心市區。在六甲山麓的南側，有眾多神戶開港早期時修建的外國人住宅，這一區域也是日本最早的近代高檔住宅區。神戶市的大部分中心市區則位于六甲山系和瀨戶內海之間的沿海平地。這一地區的南北長度僅有約三公里，使得神戶的中心街區呈現沿海岸的東西細長的形狀。為了擴充市區和港口用地，神戶曾多次實施填海造地。神戶市沿海的兩大人工島—港灣人工島和六甲人工島均是利用六甲山的土石填海造成的人工島。神戶市內的主要河流則有住吉川、生田川、新湊川等，這些河流大多發源自六甲山且在流經神戶市區后就直接入海，因此長度十分短小。
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