飛機
庫斯科機場位于庫斯科市東南方向兩公里處，但由于機場較小，游客卻很多，所以異常的繁忙。這里的國際航空線路很少，一般中國游客需要先到達首都利馬市，再從利馬市飛往庫斯科。
由庫斯科市中心的武器廣場前往飛機場出租車的價格一般不會超過15索爾，游客在與司機議價時應注意。
在庫斯科機場有多家航空公司的航班可以飛往秘魯其他城市，其中LAN航空、TACA航空、Star Peru航空非常知名。
火車
庫斯科的鐵路線路并不發達，總體來說只有從庫斯科市前往普諾和馬丘比丘兩個方向的路線。但是由于游客眾多，因此火車票十分緊張，游客需要提前購票，以免耽誤行程。
圣佩德羅火車站
這里運營著開往馬丘比丘的列車，火車站位于武器廣場附近。
萬查科火車站
這里負責開往胡利亞卡和普諾方向的列車，位于市區El Sol大街。
客車
庫斯科市到秘魯其他城市的長途汽車很多，都集中在市區南部的長途汽車站。這里有前往普諾（7小時，約45索爾）、阿雷基帕（10小時，約80索爾）、利馬（22小時，約160索爾）等地的客車，沿途的風景很好，但是長時間的旅途會令游客感到疲倦。
公交
庫斯科市內的公交車價格合理，票價不到1索爾。車型一般都是小型巴士，乘坐公交車可以更加貼近秘魯當地的生活。
出租車
在庫斯科市區內出租車非常多，而且是大多數游客的首要選擇，因為庫斯科市區內的各個景點比較近，乘坐出租車價格基本在5索爾以內。
短途巴士
來到庫斯科市的游客大多會以庫斯科為中心到周邊的小鎮或遺跡去看一看，市內的短途巴士方便了游客的出行。短途巴士可以前往皮薩克（1小時，3.5索爾）、烏魯班巴（2小時，4索爾）、欽切羅（50分鐘，2.5索爾）等地，基本上全天都會通車。
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